Jarenlang heeft de alien Zim, die vastzit in het lichaam van een schooljongen, zich voorbereid op de komst van zijn ras op aarde om de planeet te veroveren. Wanneer hij erachter komt dat zijn buitenaardse vrienden helemaal geen invasie van de aarde plannen, verliest hij het vertrouwen in zowel zijn missie als zichzelf. Zijn klasgenoot Dib Membrance, zijn aartsvijand, maakt hiervan gebruik om voor eens en voor altijd een einde aan hem te maken.